«Под капотом» молекулярной динамики — 6-я лекция курса «Новости комп. моделирования биосистем»

В этом курсе мы уже много говорили об «интересных» вещах (рецепторы, ионные каналы, фол-динг, докинг), так вот пришло время поговорить о «неинтересных», довольно сложных и иногда скучных — что находится «под капотом» у методов молекулярной механики, чем жертвуют сило-вые поля ради скорости расчета и что можно предпринять, чтобы хотя бы отчасти вернуть утрачен-ную точность. Тут поговорим о моделях воды, уточнении существующих силовых полей и разных хитрых примочках, позволяющих вытащить максимум из моделирования.