Действие Metro: Last Light происходит в 2034 году, через год после событий Metro 2033, где Артём совершил ракетный удар по Чёрным – таинственным существам, якобы угрожавшим выжившим в Московском метрополитене после ядерной войны. Рейнджеры, нейтральные миротворческие силы, с тех пор заняли военный объект Д6, который Артём посетил ещё в предыдущей игре. Д6 – огромный и ещё не до конца исследованный бункер. Ставший рейнджером в предыдущей части главный герой остаётся неуверенным, было ли правильным решением убивать Чёрных. Слухи об открытии Д6 и его богатств распространились по всему метрополитену; соперничающие с рейнджерами группировки коммунистическая Красная линия и фашисткий Четвёртый рейх надеются захватить бункер и его содержимое.
Странствующий философ-путешественник Хан сообщает Артёму и Рейнджерам, что после ракетного удара по Чёрным выжила только одна молодая особь. Хан верит, что выживший Чёрный – ключ к будущему человечества, и хочет с ним пообщаться. Полковник и лидер Рейнджеров Миллер хочет же ун