NGS pipelines in UGENE

A brief overview of NGS pipelines in UGENE: “Variant Calling with SAMtools“, “RNA-seq Analysis with Tuxedo“, and “ChIP-seq Analysis with Cistrome“. An infrastructure that helps a user to configure the pipelines and investigate the results is also breifly shown: wizards, dashboards, etc. Секвенирование нового поколения - техника определения нуклеотидной последовательности ДНК и РНК для получения формального описания её первичной структуры. Технология методов секвенирования нового поколения (СНП) позволяет «прочитать» единовременно сразу несколько участков генома, что является главным отличием от более ранних методов секвенирования. СНП осуществляется с помощью повторяющихся циклов удлинения цепи, индуцированного полимеразой, или многократного лигирования олигонуклеотидов. В ходе СНП могут генерироваться до сотен мегабаз и гигабаз нуклеотидных последовательностей за один рабочий цикл.