Alhama eut une grande importance au bas Moyen-Age, lorsque la ville était une place forte du royaume nasride de Grenade. Sa prise par les chrétiens le 28 février 1482, en représailles à la prise de Zahara de la Sierra, contée dans la célèbre romance de “La pérdida de Alhama“, marqua le début de la guerre de Grenade, dernier acte de la Reconquista. Alhama eut à connaître plusieurs tentatives de reconquête maures sans succès.
Le séisme du 25 décembre 1884 détruisit une bonne partie de la ville.