- анонс игры (1990)

История начинается спустя год после событий первой игры Ninja Gaiden. В темном царстве злой властитель Аштар разрабатывает план, чтобы властвовать над Землей, открыв ворота тьмы. Специальный агент разведки армии США Роберт Т.С. отправляется, чтобы найти Рю и остановить Аштара. Роберт сообщает Рю, что Ирэн Лью (англ. Irene Lew), подруга главного героя из первой части, была захвачена в плен и что он должен пойти в некую башню, чтобы спасти её. Преодолев состав из товарных вагонов и пробравшись через горы, в которых расположена башня, Рю попадает в засаду к злодею, который представляется как сторонник всемирного хаоса, во главе с императором тьмы Аштаром. На вершине башни Рю находит Ирэн, плененную Аштаром. Аштар пытается поразить Рю энергией из своего меча, но появляется Роберт и стреляет Аштару в спину, останавливая его. Отвергнув призыв Роберта сложить меч и сдаться, Аштар скрывается с Ирэн, призвав Рю следовать за ним в Лабиринт Тьмы. Роберт рассказывает Рю о заговоре Аштара по захвату власти над миром, используя всю мощь своего Темного меча Хаоса. Роберт умоляет Рю остановить Аштара до того, как Меч Хаоса достигнет своей полной мощи. Преодолев лабиринт Тьмы и мир Хаоса, наш герой на расстоянии слышит отголоски злодейского плана. Рю настигает Аштара. Тот освобождает Ирэн, но стоило девушке сделать пару шагов к Рю, как Аштар пронзает её в спину своим мечом. Эту сцену видит появившийся Роберт. Мечом Хаоса Аштар выпускает в Роберта энергетический заряд и вступает с Рю в бой. Рю наносит поражение злому властителю, но перед смертью Аштар молвит, что сила Тьмы скоро пробудится, и призывает силы Хаоса окутать мир во тьму. И, когда он произнес свои слова, меч Хаоса растворился в воздухе. После смерти Аштара Ирэн сообщает Рю, что необходимо уничтожить некий алтарь, подготовленный злодеем, для открытия ворот Тьмы. Рю прощается с Ирэн, пообещав вернуться, как только появится возможность, попросив Роберта позаботиться об Ирэн и покинуть мир Хаоса. В то время как Рю продвигался в мир Тьмы, Ирэн и Роберта, проделывающих путь назад, останавливает темная фигура незнакомца. После победы над существом из предыдущей части игры Рю находит на земле смертельно раненного Роберта. Тот поведал, что Ирэн была вновь захвачена, и нужно предотвратить открытие ворот Тьмы. Роберт просит оставить его. Рю настигает похитителя с Ирэн, находящихся у алтаря. В темной фигуре Рю узнает Жако — главного злодея предыдущей игры Ninja Gaiden. Жако раскрывает Рю свой злодейский план. То, что Аштар был всего лишь пешкой в его замысле, пробудить истинное зло. С помощью меча Хаоса и жизненной силы Ирэн будут открыты врата Тьмы и призваны все демоны. Рю вступает в бой со злодеем и побеждает Жако. Вместе с Ирэн они пытаются уничтожить алтарь. Но кровь Жако пробуждает Темный меч, который открывает врата Тьмы. Меч Хаоса поражает Рю и Ирэн энергией. Жако два раза возрождается в мощную, дьявольскую стену. Рю вновь и вновь атакует его. Наконец с помощью силы своего меча Дракона герой побеждает зло, и меч Хаоса распадается, закрывая врата Тьмы. Храм начинает рушиться, Рю спешно покидает его пределы, вынося Ирэн на руках. Полагая, что Ирэн погибла, он оплакивает её, но сила меча Дракона оживляет Ирэн. Рю сообщает ей, что все окончено, и вместе с Ирэн, на вершине горы, они наблюдают закат...