События фантастического фильма «Алита: Боевой Ангел», разворачиваются в отдаленном будущем. На календаре 26-е столетие. Три века назад разразилась крупномасштабная война, ставшая для человечества настоящей катастрофой и унесшая множество жизней.
Теперь в обществе существует жесткое расслоение. Те, кто принадлежит к социальной элите, обитает в Небесном городе, пользуясь всеми благами цивилизации. Тогда как остальные люди вынуждены ютиться на свалках, куда сбрасывается всевозможный мусор.
Беднякам приходится ежедневно вести отчаянную борьбу за собственное выживание. В новом мире процветают агрессия, преступность, беззаконие, и каждый может рассчитывать только на самого себя.
Однажды некий ученый, доктор Идо, обнаруживает среди отходов останки женщины-киборга. После восстановления это существо не в силах ничего вспомнить о собственном прошлом, но выясняется, что она по-прежнему отлично владеет боевыми приемами.