Синяя смена начинается аналогично Half-Life, когда Барни Кэлхун проезжает на поезде через исследовательский центр Black Mesa, чтобы добраться до своего места работы. После поступления на службу Кэлхуну поручают помочь в обслуживании неисправного лифта. Однако, когда Кэлхун заканчивает ремонт, эксперимент Фримена имеет место и приводит к “резонансному каскаду“, наносящему огромный ущерб объекту и телепортирующему инопланетных существ на базу. Лифт сильно поврежден и выходит из строя, в результате чего Кэлхун стремительно падает в глубины Черной Мезы.
Кэлхун приходит в сознание на дне шахты и начинает пробиваться к поверхности, чтобы спастись. Оказавшись неподалеку от классификационных верфей Черной Мезы, Кэлхун узнает, что доктор Розенберг и его коллеги планируют сбежать с объекта, используя технологию телепортации. После освобождения Розенберга из плена отряда морской пехоты США, отправленного для того, чтобы заставить объект замолчать, Кэлхун сопровождает его в списанный прототип лаборатории тел