Кратоса, нового бога войны, все ещё преследуют кошмары прошлого, и он избегает других богов. Не обращая внимания на предупреждения Афины, Кратос присоединяется к спартанскому войску в нападении на Родос, в ходе которого гигантский орёл внезапно лишает его сил и оживляет Колосса Родосского. Во время борьбы Кратоса со статуей, неожиданно приходит Зевс и предлагает Кратосу Клинок Олимпа, чтобы победить Колосса, требуя, чтобы Кратос наполнил клинок оставшейся частью его божественной силы. Хотя Кратос становится обычным человеком, он побеждает Колосса, но смертельно ранен. Оказывается что орёл и был Зевсом, который заявляет, что он был вынужден вмешаться, когда Афина отказалась это сделать. Зевс затем предоставляет Кратосу последнюю возможность быть верным богам, но Кратос отказывается. Зевс убивает его клинком и уничтожает спартанскую армию.
Кратос медленно уходит в подземный мир, но его спасает Гея, Богиня Земли, Мать Титанов. Гея рассказывает Кратосу, что однажды воспитывала молодого Зевса, который в конечном итоге предал Титанов как месть за жестокость, причинённую его братьям и сёстрам отцом Зевса Кроносом. Она поручает Кратосу найти Сестёр Судьбы, которые могут изменить время, предотвратить его смерть и позволить ему отомстить Зевсу. С помощью Пегаса Кратос находит логово сына Геи Тифона. Заключенный под гору, Тифон злится приходу Пегаса, заставляя Кратоса идти пешком. Кратос встречает титана Прометея, который прикован цепями и подвергается пыткам из-за добычи огня человечеству. Прометей просит Кратоса освободить его от мучений, поэтому Кратос противостоит Тифону и крадёт его волшебный лук. Он ослепляет массивного титана и убегает, а затем использует лук, чтобы освободить Прометея, который падает в огонь и умирает, в конце концов освободившись от вечных пыток. Эта жертва освобождает силу Титанов, которую Кратос поглощает и использует, чтобы освободить Пегаса, а затем улететь на нём на Остров Творения.
Перед тем, как добраться до острова, Кратос сражается с Тесеем и убивает его, чтобы разбудить гигантские каменные «Ворота времени» — подарок Сестрам Судьбы от Кроноса в попытке изменить свою судьбу — которые перекрывают Кратосу путь на остров. Там Кратос встречает и наносит поражение нескольким противникам, некоторые из которых также ищут Сестер Судьбы, включая короля варваров, Горгону Эвриалу, Персея и Икара. В конце концов он встречает заключённого в тюрьму Атласа. После того, как Кратос объяснил своё намерение, Атлас раскрывает, что Гея и другие титаны также мстят Зевсу за своё поражение в Великой войне. Атлас также рассказывает, что Клинок Олимпа является ключом к победе над Зевсом и помогает Кратосу добраться до Дворца Судьбы.
Уклонившись от ловушек и победив большое количество врагов, в том числе Кракена, Кратос встречает невидимого врага, который, как выяснилось, является спартанским солдатом. Перед смертью солдат сообщает Кратосу, что Зевс уничтожил Спарту во время отсутствия Кратоса. Возмущенный, Кратос освобождает феникса и сталкивается с двумя Сёстрами Судьбы: Лахесис и Атропос. После того как они откажутся выполнять его просьбу изменить время, Кратос сражается с ними. Во время этой битвы Сёстры пытаются изменить исход битвы Кратоса с Аресом, но Кратос убивает их обеих, а затем противостоит оставшейся Сестре, Клото. Потом он убивает и её, забирает «Нить судьбы», чтобы вернуться к тому моменту, когда Зевс предал его.
Кратос удивляет Зевса, забирает Клинок Олимпа и, наконец, ранит его. Афина вмешивается и умоляет Кратоса остановиться, поскольку, убив Зевса, он уничтожит Олимп. Кратос игнорирует её и пытается убить Зевса, но Афина жертвует собой, насаживаясь на клинок и давая Зевсу сбежать. Перед смертью Афина рассказывает, что Кратос на самом деле сын Зевса. Зевс боялся, что Кратос узурпирует его, как Зевс узурпировал своего собственного отца, Кроноса. Кратос заявляет, что правление богов заканчивается, а затем возвращается во времени и спасает титанов непосредственно перед их поражением в Великой войне. Он возвращается с титанами к настоящему, и боги наблюдают, как их бывшие враги поднимаются на гору Олимп. Кратос, стоящий на спине Геи, заявляет, что он привёл титанов разрушить Олимп