Предсказание 3D пространственной структуры белков: классические подходы и методы глубокого обучения

проф. О. Калинина (Helmholtz Institute), к.б.н А. Залевский (ИБХ РАН) Предсказание трехмерной пространственной структуры белков: классические подходы и методы глубокого обучения AlphaFold – программа для предсказания пространственной структуры белков с помощью глубоких нейронных сетей, созданная компанией DeepMind, которая уже отметилась значительными успехами в создании программ, играющих в шахматы и го. AlphaFold наделала много шума осенью 2020 года, когда ей удалось с большим отрывом выиграть соревнования по предсказанию трехмерных структур белков CASP. 15 июля этого года была опубликована статья в Nature с описанием метода () и код на GitHub (). Прежде чем разбираться в деталях реализации нейросети, мы хотим рассказать про классические методы предсказания пространственной структуры и историю CASP. Также мы обсудим особенности локального развертывания AlphaFold и покажем результаты первых бенчмарков на собств