Ecco: The Tides of Time

История продолжается с того места, где закончилась игра Ecco the Dolphin. Выясняется, что королева Вортекс не побеждена, она проследовала за Экко на Землю с целью основать новое гнездо. Экко неожиданно теряет силы, данные ему Астеритом. Он встречает самку дельфина с необычайно длинными плавниками, по имени Треллия, которая является его потомком. Она прибыла с целью забрать Экко в своё время — далёкое будущее. Будущее Треллии — это рай для дельфинов. У дельфинов появились гелиевые мешочки, дающие им возможность летать, и телекинетические способности. Океан стал обладать собственным разумом, и потоки, образовавшиеся в небе, связали все водоёмы мира. В будущем Экко встречает Астерита. Астерит говорит Экко, что что-то пошло не так. Когда Экко воспользовался машиной времени для того, чтобы спасти свою стаю, то разделил течение времени надвое. Одним вариантом будущего стала эта райская реальность. Вторым — мёртвый механический мир, опустошённый Вортексом. В этой реальности Астерит убит королевой. После этого разговора Астерит отправляет Экко обратно в своё время. По возвращении Экко приходится собирать Астерита заново, собирая сферы, из которых тот состоит. Последние две сферы были украдены дронами Вортекс и отправлены в будущее. Для того, чтобы победить королеву раз и навсегда, Экко необходимо вернуть их. Воспользоваться машиной времени Атлантов не представляется возможным, так как она может отправлять только в прошлое. Проблема решается, когда Экко ловят дроны Вортекс, и забирают его в своё будущее. В этом будущем много машин похожих на те, что были в последних уровнях первой игры. Одним из таких уровней является «Гравитационный ящик», в котором гравитацией манипулируют необычными способами. В итоге Экко находит последние две сферы и после того, как босс, охраняющий их, побеждён, открывается портал во время Экко. Астерит снова собран, и снова он даёт Экко силу, подобную силе в первой игре. Он также призывает всех соотечественников Экко принять участие в борьбе против Вортекс. Сам Экко берёт на себя королеву. Но она снова убегает, превращаясь в личинку и отправляется в Атлантиду, чтобы воспользоваться машиной времени Атлантов. Экко отправляется следом, дабы уничтожить машину. Попав в прошлое, королева находит существ, которых не может покорить, и потому жители Вортекса как вид интегрируются в экосистему Земли. Экко, вместо того, чтобы уничтожить машину, ныряет в неё вслед за королевой и бесследно исчезает в пучинах потока времени.