Исключительной компетенцией органов ЕАЭС является таможенно-тарифное регулирование, нетарифное регулирование торговые режимы с третьими странами, применение специальных защитных, антидемпинговых и компенсационных мер, контроль за конкуренцией на трансграничных рынках.
Совместное регулирование органами ЕАЭС и государств-членов присутствует в таких областях как таможенное регулирование, техническое регулирование, макроэкономика.