ШАД AGCT Лекция 2: Основы секвенирования

RNA-seq, WGS и экзомы. Понятие экспрессии гена, численное выражение экспрессии (как определяется), FPKM, TPKM. Дифференциальная экспрессия, аннотация генома и транскриптома. ⏳Таймкоды: 00:00:00 Вступление - Анастасия Великанова 00:47 Вступление - Леонид Урошлев 02:00 Что такое секвенирование 02:48 Поколения секвенаторов 07:55 Вопросы из чата 09:10 Пробоподготовка: выделение, фрагментирование 11:00 Амплификация 14:05 Вопросы из чата 15:15 Вопрос Анастасия Великанова 17:12 Секвенирование по Сэнгеру 21:25 Секвенирование синтезон(Illumina) 25:34 Пиросеквенирование (Roche) 28:40 Полупроводниковое секвенирование (IonTorrent) 33:43 Слайд “Полупроводниковое секвенирование (IonTorrent)“ 35:46 Вопрос от Andrey Stapran о последовательном добавлении нуклеотидов 36:15 Ответ Леонида Урошлева 37:10 Слайд “Секвенирование длинных чтений (PacBio)“ 42:55 Слайд “Секвенирование длинных чтений (Oxford Nanopore)“ 47:18 Вопрос от Andrey Starpan о качестве секвенирования 47:49 Слайд “Полногеномное секвенирование и RNA-seq“ 49:25 Полноэкзомное секвенирование 53:09 Вопросы от зрителей 54:26 Single cell секвенирование 01:00:17 Бисульфитное секвенирование 01:02:51 Вопросы от зрителей 01:04:00 ChIP-seq 1:04:16 Вопрос от Maria Borodaen 1:04:59 Комментарий от Andrew Stapran 1:07:34 слайд ATAC-seq и транспозаза 1:12:09 Биоинформатический анализ. Бэйсколлинг 1:14:50 Вопрос от Andrew Stapran 1:16:45 Вопрос от Andrew Stapran 1:19:12 Вопрос от Алексея Чечекина 01:20:34 — Вопросы 01:21:34 — Биоинформатический анализ 01:21:34 — Биоинформатический анализ. Тримминг 01:23:56 — Биоинформатический анализ. Картирование 01:32:44 — Вопросы