1937 жылғы 17 қыркүйекте партияға қарсы ұлтшылдық топқа басшылық жасады деген айыппен Жанайдар Сәдуақасовпен бірге ОАК төрағасы Ұзақбай Құлымбетов те тұтқындалды. 1938 жылғы 25 ақпанда КСРО ЖСӘА ең жоғары жазаға кест, үкім шыққан күні атылды.
ҚазКСР Халық Комиссарлары Кеңесі төрағасының бірінші орынбасарының жұбайы - Елизавета Сәдуақасова да қуғын-сүргінге ұшырады. 1938 жылы оны Отанына опасыздық жасаушының әйелі ретінде сегіз жылға соттады. Ол алдымен Алматыдағы түрмеге, содан кейін Отанын сатқандардың әйелдерінің Ақмола лагеріне («АЛЖИР»), содан кейін «Қарлагқа» жіберілді.
Қайғылы оқиғалардың алдында 1935 жылы Жанайдар Сәдуақасовтың ұлы- Рүстем дүниеге келді, оны жұбайы қамауға алғанға дейін апасына тапсырды. Ол осылай апайының отбасында ержетті. Профессор, геология ғылымдарының докторы, геологиялық экспедициялардың жетекшісі болды.