Гонококк — неподвижный грамотрицательный парный кокк (диплококк), обе половинки которого имеют сходство с кофейными зернами, обращёнными вогнутой стороной друг к другу. Фагоцитированные полинуклеарными нейтрофилами гонококки чаще не погибают, а сохраняют жизнеспособность и вирулентность (эндоцитобиоз) и даже размножаются.
В неблагоприятных условиях, в частности под воздействием антибактериальных препаратов, гонококки могут трансформироваться в L-форму или изменять свои свойства (так называемые формы Аша). Гонококки можно выращивать на искусственных питательных средах, они лучше растут при наличии нативного человеческого белка в атмосфере с повышенным содержанием CO2 при 37 °C.
Устойчивые внутри организма носителя, во внешней среде гонококки мало устойчивы. Гонококки гибнут по мере высыхания субстрата, в котором находятся и при нагревании уже до 40—45 °C. Почти моментально они погибают в мыльной воде, на них губительно действуют слабые соли серебра, растворы антисептиков и многие антибиотики.