PanCancer Analysis of Whole Genomes | Герман Демидов

Лектор: Герман Демидов, JetBrains Research / Aging Biology Foundation / Broad Institute Слайды: Летняя школа по биоинформатике: В 2020 консорциум PanCancer Analysis of Whole Genomes завершил свою многолетнюю работу публикацией десятков статей в журнале Nature и других ( ). Основным объектом были ~ образцов «норма/рак» от нескольких разных типов рака, секвенированных с помощью полногеномного секвенирования короткими ридами, однако было использовано и множество дополнительных данных: секвенирования для анализа эпигенома, RNA-seq и другие. Основное отличие этого консорциума от PanCancer Atlas, опубликованного в Cell в 2018 ( ), было именно в том, что секвенирован был весь геном. Это позволило анализировать и некодирующую часть ДНК, не покрытую экзомным секвени