Преподобноисповедник Рафаил родился в 1891 году в слободе Великая Михайловка Новооскольского уезда Курской губернии в семье малороссийского крестьянина Ивана Шейченко, занимавшегося сапожным ремеслом и переплетным делом, и в крещении был наречен Родионом. В 1906 году Родион окончил церковно-приходскую школу и поступил в земское училище, в котором проучился три года, и затем работал, как и отец, сапожником. В 1913 году он был призван в армию и здесь окончил военно-ветеринарную фельдшерскую школу, ему было присвоено звание унтер-офицера, и он был отправлен в 6-й уланский Волынский полк, где прослужил до демобилизации в 1918 году. Вернувшись с фронта на родину, Родион попрощался со всеми своими домашними и отправился в Оптину пустынь, где уже не один раз бывал до того паломником и трудником.
Иеромонах Рафаил был погребен на старом кладбище в городе Козельске. Но подвиг исповедника и пастыря не укрылся от Церкви – его имя включено в Собор новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания. 22 июня 2005 года по благословению Святейшего Патриарха Алексия II были обретены мощи преподобноисповедника Рафаила, которые ныне находятся в Преображенском храме Оптиной пустыни.