Фолдинг, докинг и химическое пространство — 5-я лекция курса «Новости комп. моделирования биосистем»

Когда узнаёшь, как хитрó устроен фолдинг — самопроизвольное сворачивание в «нативную» форму биополимеров и, в первую очередь, белков — становится поистине удивительно, что никто этим процессом не управляет, и что протекает он сам: просто под влиянием внутримолекулярных (и довольно слабых) сил. Почти то же самое касается и взаимодействия белков между собой — процесса, лежащего в основе всей молекулярной биологии. И хотя некоторые считают, что появление Альфа Фолда закрыло вопрос фолдинга белка, на самом деле он продолжает оставаться важнейшей и вовсе не до конца решенной проблемой молекулярной биофизики. В этой лекции я рассказываю, каких высот достигло компьютерное моделирование фолдинга небольших компактных белков, а также взаимодействий между ними. Ну а на закуску — нейросетевые приложения в докинге и изучении химического пространства малых молекул.